位于慈山寺西区，则建有3座两层高供僧人及尼姑入住的僧寮。3座僧寮外形设计古色古香，最西端一座名为“维摩室”，虽然只得两层，但设有升降机，二楼共有5间房，包括中央客厅，所有窗户均装上防弹玻璃，以左面单边套房最大，面积达30平米，是唯一放置双人床的房间，房内有电视机、单人沙发，套房的天花、地板及墙身内装嵌厚达20毫米的钢板，可抵受爆炸冲击力。其余两座供僧人和尼姑入住的僧寮，外观设计大致一样。

高度设防的僧寮及最大套房是否李嘉诚专属禅修住房?对此，慈山寺秘书长倪启端接受采访时透露，建寺时先考虑修行，设计时参考过其他接待贵宾的保安设施。但倪启端强调，没有一间房间室给予特定某人入住，住持离任后，其住房也会给予其他僧侣入住。而整所寺院可容纳80名法师长期修行。